相传，梁武帝少时曾随兄南谯太守萧懿在南谯（全椒古称）读书，一日在龙山尼庵遇妙尼慧姑，一见钟情，梁武帝登基后欲觅慧姑，不意时过境迁，已庵圮人亡，于是旨令高僧宝志和尚在龙山建此庙，并在龙山主峰建娘娘庙。

　　据说原寺庙核心区有更多的参天古树，清代诗人吴国缙（吴敬梓伯曾祖）有《龙山寺》诗曰“林深无熟径，树老不知年……”，惜历代战乱，损之过半，特别是文革前后无政府管理状态，在此劈田、饲禽、办厂，毁树更多，现保留下来的可算历经磨难。而山上，古树落籽生根逐步形成了以青檀为主，间有朴树、三角枫等树种的植物群落，大多树龄也都有百年以上。而这些树的树皮呢，是绝好的制书画宣纸的原料青檀树皮。

　　相传，东汉安帝建光元年（公元121年）东汉造纸家蔡伦死后，他的弟子在皖南以造纸为业，很想造出一种世上最好的纸，为师傅画像修谱，以表怀念之情。但年复一年难以如愿。一天，偶见一棵古老的青檀树倒在溪边。由于终年日晒水洗，树皮已腐烂变白，露出一缕缕修长洁净的纤维，取之造纸，经过反复试验，终于造出一种质地绝妙的纸来，这便是后来有名的宣纸。

　　时间慢慢来到2007年，一位县林业局的工作人员走进龙山时正赶上寺庙扩建，听僧人介绍施工现场的古树“出血了”，以前只是经常听说，这次在现场急忙赶到施工现场，见两位民工坐在一旁一脸无辜地发呆，原来施工中伤及一株古青檀树根，伤口处竟“流血”了，恐有违神灵。拨开覆土，见粗壮的古树根断口的确流出暗红色粘稠液体，部分已渗透入土壤中。据他以为，这是树液经氧化而产生的现象。僧人在现场做了法事，并转告工人，建寺是行善积德，不会遭天谴，两位工人才继续施工。

　　在大殿右前沿下。其为古树群中树龄最大、树形最奇特的一株青檀。树高12米，胸围360公分，冠幅东西12.2米，南北11.8米。树干中空，自根部向上，有一约60cm×70cm的空洞，原树干几近全部枯朽，现有的树干是由后来的萌生枝干交织而成，并着生众多的树瘤，新生3个树瘤每只约40公分，僧人称此是“百子救母”，故称百子檀。

　　庙前广场边有三棵古青檀并排而立，其树体高大，枝叶茂密，如寺院屏风，显示着古寺的威严。由于其俨然似大殿中供奉的三尊大佛，寺僧称其为天成的三尊大佛。居中的一棵树高20米，胸围 公分，冠幅15米×10.1米，为释迦牟尼佛化身；南边一株树高16米，胸围 公分，冠幅19.3米×11.6米，为药师佛化身；北边一株树高16米，胸围 公分，冠幅15.2米×12.2米，为阿弥陀佛化身。三尊大佛俯视世间万事万物，为人间去忧解惑，接受善男信女的朝拜，僧众香客也不时在树下添香，在树上悬挂祈愿带。中间一棵形态独特，其自基部至1.5米处树干犹如一口倒扣着的瓮，中空，朝东一孔如门洞开宽35公分，高1.4米，相传曾有高僧在此涅槃，故大家又称其为涅槃檀。

　　该树悬于大殿左后坡上，树高21米，胸围345公分，主干中空腐朽，有孔外露，可见干腔内有粗藤状两枝延伸出树干。传说此树早年枯萎，不知何时，从母腹生出子干，穿透树皮与母树长为一体，使古树焕发青春，故名母子檀。

　　在大殿左，宝公亭旁。该树高21米胸围400公分，冠幅14×15米，其生于巨石之上，粗壮的根与巨石融为一体，主干凸凹不平，似石柱般挺立，故名石林树。

　　在殿左山坡中部。该树生于裸石之上，主根全部外露，延伸出3—5米后扎入石隙中，形如龙爪，故名龙爪檀。

　　在大殿左后，宝公亭一侧。该树有两大主枝在空中交叉生长，交缠中逐渐连为一体，如情侣相拥而立，故名连理檀，情侣们常在树下盟誓、许愿、留影。

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