由于保人要担保犯人出狱后不再犯事，一旦再犯，保人要连坐。所以，一般人都不愿做保人。如此一来，关押在迁善所内的大多数犯人，尤其是外地来杭犯事的犯人，也就难以走出牢房了。时间长了，必然要出问题。

　　据《申报》报道，1900年4月22日(光绪廿六年三月二十三日)，杭州迁善所宽字号牢房犯人毛金魁、徐阿和等人纵火焚烧牢房，趁乱逃跑。此次，宽字号牢房中逃出犯人56名，严字号牢房中逃出5名，有24名犯人没有逃跑。

　　事后，官方一方面将毛金魁、徐阿和等犯人抓回斩首；另一方面对未逃跑的24人中的23人给予释放，只有圆通寺住持僧指修被转入到宽字号牢房继续关押。

　　1902年5月5日(光绪廿八年三月二十八日)夜四鼓时，杭州迁善所再次发生暴狱。严字号牢房押犯王之林、顾阿宕、陈阿有等人，将镣铐击断，打死1名看守，毁门脱逃。因第一次暴狱的教训，官府已在迁善所附近扎下军营。闻讯赶来的官兵当场打死越狱犯人1名，抓获17名，只有2犯脱逃。事后，王之林、顾阿宕、陈阿有三人被拉到清波门外斩首示众。

　　晚清癸卯科举人钟毓龙所撰《说杭州》，对这两次暴狱也有记载，并说：“其时，杨乃武亦在狱中，然未与也。”笔者推测，钟毓龙所说杨乃武未参与的暴狱，应为第一次暴狱。据《申报》所报道，24人中除圆通寺僧人指修没有释放外，其余已悉数释放。

　　如此推测成立，则杨乃武在迁善所内被“劳教”的年限约为3年，即1897年5月至1900年4月22日后的几天。